とりあえず思いついたものからつらつらと書いてみました。
皆さんもどんどん追加していってください。

合併に関しての疑問点

・合併先を選ぶ時の制限について（共和国同士でないとだめ、西国人同士でないとだめなど）
・合併先に二重国籍PCがいる場合の処遇について
・合併時のイグドラシルで、根元が同じ場合に派生系が共存できるかどうか
（例：双方西国人＋猫妖精＋猫妖精からの派生を持っている悪童同盟とキノウツンが合併した場合、
西国人＋猫妖精＋猫妖精＋猫先生と西国人＋猫＋猫の神様＋猫の決戦存在が共存できるか）
・合併時のイグドラシルで残らないことになった枝から派生した、職業でないアイドレスの処遇について
（例：悪童同盟のテストパイロットが消滅した場合の白夜号、鍋の医師が消滅した場合の岩田やヤガミ）
・その他、国がなくなることによるペナルティ


帝國軍参加に関しての疑問点

・海軍兵站システムや燃料気化爆弾のような技術系アイドレス供与について
（供与の必要の有無、必要がある場合に今までどおりPCの派遣を要するかどうかなど）
・帝國への移籍に伴う改易（？）による追加作業の有無

とりあえずあらましとかそういうのを。

帝國参謀が組織として成り立ってないぜ
↓
じゃあ宰相が直轄の軍隊作ってそこが戦闘を受け持つぜ
↓
でも宰相国は国民いないから戦力がないんだぜ
↓
じゃあ国民のいる国から犬士とI=Dだけ集めて運用すればいいぜ
↓
そのほかの運用資金は帝國全土から税金とってまかなうぜ
↓
金だけ供出にならないように犬士やI=D供出した国は税制的に優遇するんだぜ
↓
この際共和国からでも参加を募るぜ
↓
でもどれくらい集まるかわからんからまずアンケートとるぜ　←　いまこのへん

大体こんな感じ。多分。